Kelas Unggulan Tahfiz merupakan program kelas unggulan di MTs Negeri 3 Bantul yang memuat semua kurikulum di kelas reguler ditambah dengan hafalan Al-Qur’an dengan target juz 30, juz 1 dan juz 2 dengan cara membaca yang baik dan benar. Setiap tingkatan kelas terdapat 1 (satu) Kelas Unggulan Tahfiz dengan jumlah siswa 32 per kelas.