DAFTAR KEPALA MTsN 3 BANTUL
| NO | NAMA | TAHUN |
| 1 | KH. Asyhari Marzuqi | 1968-1970 |
| 2 | H. Rochim Farid, BA | 1970-1980 |
| 3 | Drs. Zupri Bardani | 1980-1986 |
| 4 | Drs. H. Asroruddin | 1986-1995 |
| 5 | Drs. Sujadi | 1995-1997 |
| 6 | Drs. Tuwuh Margono | 1997-2001 |
| 7 | H. Djumantoro, BA | 2001-2003 |
| 8 | Siti Habibah, S.Ag. | 2003-2006 |
| 9 | H. Samingan, S.Pd.,M.Pd.I | 2006-2008 |
| 10 | Drs. H. Hendarto, MA | 2008-2010 |
| 11 | Drs. Tohari Suyuti, MA | 2010-2014 |
| 12 | Drs. Surahmanta | 2014-2017 |
| 13 | H. Sugiyono,S.Pd. | 2017-2019 |
| 14 | Sugeng Muhari, S.Pd. Si. | 2019-2024 |
| 15 | Tutik Husniati, S.Ag, M.S.i | 2024-sekarang |